Das Paulus-Praetorius-Gymnasium ist aus der Erweiterten Oberschule (EOS) „Geschwister Scholl“ hervorgegangen. Es existierte als einziges   Gymnasium von Bernau von August 1991 bis Juli 1994 am Standort Bernau, Schönfelder Weg 4

Seit dem 22. August 1994 ist es im neuen Gebäude am Standort Lohmühlenstraße 26 (vorher Jahnstraße 58) beheimatet und trägt seit 1995 den Namen Paulus-Praetorius-Gymnasium.